De Aartsbisschop van Keulen viel in ongenade bij de regering omdat hij tijdens de Keulse onlusten, de “Berliner Konvention” niet wilde erkennen. Tegelijk met hem werd ook Eduard Michelis in november 1837 in de gevangenis van Minden gebracht. Later werd Michelis naar Maagdenburg verplaatst en tenslotte naar Erfurt.

Eerst in april 1841 kon Michelis naar Münster terugkeren, zijn gezondheid was intussen zeer verzwakt. 1842 Stichtte hij in St.Mauritz een armen-weeshuis, dat tegelijkertijd het uitgangspunt werd voor de nieuwe congregatie van de zusters van de Goddelijke Voorzienigheid, waarvan Eduard Michelis directeur was van 3-11-1842 tot 23-10-1845.

>Na zijn promotie in maart 1844 ging Michelis als professor in de dogmatiek naar Luxemburg en doceerde aan het daar nieuw opgerichte priesterseminarie, omdat hij vanwege zijn drie en half jarige hechtenis geen professoraat aan de universiteit in Pruisen kon krijgen.